Towards predictive spatiotemporal modeling of single cells
主講人：邱肖杰
時間：8月22日 15:00（星期二）
地點：E228
主持人：彭廣敦 研究員
主講人簡介：
邱肖杰博士是斯坦福大學遺傳學系、BASE項目和計算機科學系即將到任的助理教授。邱肖杰2013-2018年在華盛頓大學與Cole Trapnell博士實驗室做博士期間，在單細胞基因組學領域做出了重要貢獻，其中最典型的是開發(fā)了能夠準確且穩(wěn)健地從scRNA-seq數據中重建復雜發(fā)育軌跡的Monocle 2和Monocle 3。2018年至今在Jonathan Weissman博士實驗室做博士后，期間開發(fā)了Dynamo（aristoteleo/dynamo-release），利用代謝標記使單細胞RNA-seq能夠推斷絕對RNA速度，重構連續(xù)的向量場以預測單個細胞的命運，利用微分幾何提取潛在的基因調控網絡調控機制，并最終預測最優(yōu)重編程路徑，實現精確的Perturb-seq中擾動預測。最近，他還開發(fā)了一個強大的工具包Spateo（aristoteleo/spateo-release），用于高級多維時空建模，實現了單細胞分辨率的空間轉錄組學。Spateo提供了一種新方法來處理細胞間的互作，以揭示生態(tài)因子和細胞類型特異性配體-受體相互作用的空間效應。此外，Spateo重構了整個胚胎的3D模型，并進行了3D形態(tài)計量分析，Spateo引入了細胞遷移的“形態(tài)向量場”概念，整合了空間微分幾何，以揭示果蠅各種器官發(fā)生模式背后的調控程序。
